Если речь идет о внутреннем совместительстве, то повышенная оплата рассчитывается отдельно по каждой из должностей, при условии, что в приказе отражено  привлечение сотрудника к работе в выходной сразу по двум должностям (ст.60.1, 282 ТК РФ). 

Если же работнику просто установлена доплата за совмещение профессий, то, по общему правилу, повышенная оплата за работу в выходной будет рассчитываться только из основного оклада, поскольку так предписывает ТК (ст. 153 ТК РФ). При этом неважно, к какой именно работе привлекался сотрудник в выходной день – к основной, совмещаемой или к двум одновременно. 

Однако повышенную оплату за совмещение профессий в выходной день работодатель может самостоятельно предусмотреть в ЛНА, регулирующем порядок оплаты труда в выходной день, а также в коллективном или трудовом договоре (ст. 153 ТК РФ). Либо стороны могут согласовать этот вопрос в соглашении о совмещении (ст. 60.2 ТК РФ). В противном случае работник вправе отказаться (ст. 60.2, 113 ТК РФ):  

(и) в принципе выходить на работу в выходной (если это не форс-мажорные обстоятельства, перечисленные в ст. 113 ТК РФ);

(и) выполнять в выходной одновременно и основную работу, и совмещаемую;

(и) выполнять работу по совмещению (отказ возможен за три дня).