При ввозе товаров в Россию из стран-участниц ЕАЭС налоговая база по НДС определяется на дату принятия на учет импортированных товаров <п. 14 Протокола о порядке взимания косвенных налогов (Приложение 18 к Договор о Евразийском экономическом союзе (Подписан в г. Астане 29.05.2014)) (далее – Протокол)>. Сумму НДС рассчитывают по налоговым ставкам, установленным законодательством государства-члена, на территорию которого импортированы товары <п. 17 Протокола>. Заявление о ввозе товаров должно быть подано не позднее 20-го числа месяца, следующего за месяцем принятия их на учет <п. 20 Протокола>.

Товары, как вы пишете, были ввезены из Республики Беларусь в Россию в декабре 2018 года. Предполагаем, что и на учет они приняты в 2018 году. То есть момент определения налоговой базы приходится на 2018 год. А значит, налог нужно рассчитывать по ставке 18%, хотя Заявление о ввозе и будет подано уже в 2019 году не позднее 21 января.

Форма Заявления о ввозе товаров и уплате косвенных налогов приведена в Приложении 1 к Протоколу от 11.12.2009. На данный момент о разработке каких-либо поправок в этот документ нам не известно. Учитывая, что в форме Заявлении в названии граф не указан размер налоговой ставки, нет необходимость ее обновления в связи с повышением применяемой на территории РФ ставки НДС с 18% до 20%.