Как мы поняли из вопроса, вы не сами оказываете услуги по ремонту сельхозтехники в период гарантийного срока эксплуатации, а заключили с целью исполнения своих обязательств перед покупателями договор со сторонней компанией (гарантийной мастерской, сервисным центром), в которую и обращаются покупатели для устранения недостатков товара. Эта компания правомерно не предъявляет вам НДС к уплате по возмещаемым расходам на основании подп. 13 п. 2 ст. 149 НК РФ <см., например, Письма Минфина от 16.02.2012 № 03-07-07/25, ФНС от 06.08.2012 № ЕД-4-3/13003@>. 

С 01.01.2019 подп. 13 п. 2 ст. 149 НК РФ утрачивает силу. Но норма, предусматривающая освобождение от НДС услуг по гарантийному ремонту, появится в подп. 37 п. 3 ст. 149 НК РФ <ст. 2 Закона от 27.11.2018 № 424-ФЗ>. То есть применение льготы станет добровольным. Сервисный центр вправе отказаться от ее использования, представив в ИФНС заявление об отказе от освобождения от НДС в произвольной форме не позднее 09.01.2019 (если отказ планируется с I квартала 2019 г.) <п. 5 ст. 149, п. 7 ст. 6.1 НК РФ>. 

При реализации этого права сервисный центр по суммам компенсации расходов на гарантийный ремонт будет выставлять вам счета-фактуры с выделенной суммой НДС, а ваша компания сможет принимать налог к вычету в общеустановленном порядке. 

Если сервисный центр самостоятельно выполняет работы по гарантийному ремонту и не планирует отказываться от использования льготы, то с 2019 г. для вас ничего не меняется. Если хотите подстраховаться, направьте организации официальный запрос о применении/неприменении льготы с 2019 г.