По общему правилу товары, предназначенные для перепродажи, принимаются к учету по стоимости их приобретения <п. 13 ПБУ 5/01>. В дальнейшем фактическую себестоимость, по которой материально-производственные запасы приняты к бухучету, пересматривать и изменять нельзя <п. 12 ПБУ 5/01>. 

НДС в общем порядке начисляется со стоимости реализуемых товаров (без учета НДС) и предъявляется к оплате покупателю дополнительно к цене товара <п. 1 ст. 154, п.1 ст. 168 НК РФ>.

В то же время организации, занимающиеся розничной торговлей, могут учитывать товары по продажным ценам, в которые уже включены торговая наценка и НДС (ведь при продаже товара в розницу сумма НДС включается в его розничную цену) <п. 13 ПБУ 5/01, п. 16 Методических указаний по бухгалтерскому учету МПЗ, утв. Приказом Минфина от 28.12.2001 N 119н, п. 6 ст. 168 НК РФ>. 

Поэтому, если вы ведете раздельный учет товаров для опта и розницы, и розничные товары учитываете по продажным ценам, то вам нужно переоценить эти продажные цены в связи с увеличением ставки НДС.