С 01.01.2019 в платежных поручениях на доплату за товар, отгруженный в 2018 г, надо указывать ставку НДС 18%. Авансы, перечисляемые в 2019 г., облагаются НДС по ставке 20/120 (если сами предоплачиваемые товары облагаются НДС по ставке 20%).

Лучше не делать один платежный документ на доплату за отгруженный в 2018 г. товар и аванс по новой поставке, которая ожидается в 2019 г. Может возникнуть путаница.

Если вы решитесь сделать единый платеж, то оформите его как платежку на товары, облагаемые НДС по разным ставкам. В поле «Назначение платежа» надо указать:

- какую сумму составляет доплата за товары, отгруженные в 2018 г., ставку НДС 18%,

- какую сумму составляет аванс в счет товаров, которые будут отгружены в 2019 г. С нее НДС должен исчисляться по ставке 20/120.