1. Оплата отпуска

Действительно, насчёт отпуска Минтруд написал так, цитируем: "Если работник находится в отпуске, то нерабочие дни с 30 марта по 3 апреля 2020 года в число дней отпуска не включаются и отпуск на эти дни не продлевается". Эту фразу можно понять двояко. Вот варианты.

Вариант 1. Сотрудник был в отпуске, в отпуск вошла нерабочая неделя с 30 марта по 3 апреля, отпуск не продлеваем и его оплату не пересчитываем. Человек должен приступить к работе 19 апреля.

Вариант 2. Дни отпуска, которые совпали с нерабочей неделей, не считаются отпуском. Отпускные за них надо пересчитать, то есть за нерабочую неделю начислить обычную зарплату, а отпускные зачесть при её выплате.

При этом пять календарных дней отпуска сохраняются, работник может использовать их когда-нибудь потом. Но на работу всё равно должен выйти 19 апреля. 

Какой вариант единственно верный, пока не скажет никто. Ждём официальных разъяснений.

2. Выплата зарплаты

Понятие нерабочий день, введённое указом президента, не тождественно понятиям выходной или нерабочий праздничный день. Поэтому, формально, платить зарплату заранее необязательно. С другой стороны, если компания полностью приостановила работу на период с 30 марта по 3 апреля, и на это время выпадает срок выплаты зарплаты, то деньги, конечно, следовало перечислить заранее.

Обратите внимание, что 03.04.2020 Минтруд скорректировал (https://rosmintrud.ru/employment/54) свои предыдущие разъяснения (Рекомендации, утв. Письмом Минтруда  от 26.03.2020 N 14-4/10/П-2696 (п. 3)) по отпускам. В новой версии нет фразы "нерабочие дни в число дней отпуска не включаются", сказано лишь, что он не продлевается.

Следовательно, никакой особой оплате дни отпуска, совпавшие с нерабочими, не подлежат, отпускные пересчитывать не надо, и в будущем из-за случившегося отпуск работника не увеличится.