Если штраф выплачен за отказ заказчика от исполнения договора, то НДС на сумму штрафа можно не начислять. Ведь такие санкции не связаны с реализацией товаров (работ, услуг) – таковой просто не было. Например, клиент купил авиабилет, но в итоге не полетел.

Такой вывод Минфин делает впервые Письмо Минфина России от 03.08.2012 N 03-07-08/235. Ранее в похожих ситуациях финансисты предлагали облагать штраф налогом Письмо Минфина России от 14.02.2012 N 03-07-11/41.
Ну а в части штрафов за несвоевременную оплату ничего не поменялось – Минфин и налоговики настаивают на том, что они связаны с оплатой и включаются в базу по НДС. А недовольные продавцы при несогласии с таким мнением могут отправляться в суд, который их наверняка защитит.