А значит, штрафа за их несвоевременную подачу быть не должно. Например, компания из-за отсутствия облагаемых операций и движений по счетам подала по итогам года единую декларацию, а затем все-таки нашла одну облагаемую операцию. И подала, разумеется с опозданием, декларации по НДС и налогу на прибыль.

Минфин считает, что эти декларации по НДС и налогу на прибыль являются уточненными к единой Письмо Минфина России от 08.10.2012 N 03-02-07/1-243. И даже ссылается на единичное судебное решение Постановление ФАС МО от 29.07.2011 N КА-А41/7687-11.
Ну а мы додумываем вывод из этой истории - очень даже вероятен штраф за несвоевременную уплату налогов по уточненкам, если компания не заплатит их до подачи уточненок.