Если организация-плательщик НДС получила субсидию из регионального или местного бюджета в соответствии с Законом о развитии малого и среднего предпринимательства и на эту субсидию купила, например, основное средство, то входной НДС по нему принять к вычету нельзя.

По мнению Елены Вихляевой, денежные средства в виде субсидий, получаемые субъектами малого и среднего предпринимательства из соответствующего бюджета РФ на возмещение затрат, связанных с оплатой приобретаемых товаров (работ, услуг) с учетом НДС, в налоговую базу не включаются, поскольку не связаны с оплатой реализуемых ими товаров (работ, услуг). В случае оплаты указанных товаров (работ, услуг) за счет средств субсидий, суммы НДС вычету не подлежат, поскольку принятие к вычету (возмещению) налога, оплаченного за счет бюджетных средств, приведет к повторному возмещению налога из бюджета.
Так как субъекты малого предпринимательства обычно получают субсидии именно на возмещение затрат, безопаснее входной НДС по товарам, работам, услугам, приобретенным за счет субсидии на развитие бизнеса, к вычету не принимать.

Подробнее об учете этих субсидий при применении разных режимов налогообложения читайте в ГК, 2011, № 23.