В том числе в документах, подаваемых вами в госорганы. По правилам применение буквы ё в именах собственных (в том числе в ФИО) обязательно. Но ведомство ссылается на судебную практику - "е" вместо "ё" (и наоборот) не искажает данные, если идентифицировать лицо в таких документах можно на основании других данных.

Так что отказ чиновников в приеме/выдаче документов под предлогом такой ошибки незаконен Письмо Минобразования России от 01.10.2012 N ИР-829/08. Это, на наш взгляд, касается и бухгалтерских документов: «е-ё»-ошибки в справках на работников, прочих документах и уж тем более счетах-фактурах некритичны.
А в судах ё-споры действительно были. При этом суды если и признавали ошибку в написании нарушением, то оценивали его как малозначительное Постановление ФАС УО от 16.12.2009 N Ф09-10237/09-С1. Но компаниям, предпринимателям и обычным гражданам от этого «буквоедства» госорганов было совсем не смешно.