На таком заявлении от имени организации достаточно подписи ее руководителя (Письмо ФНС России от 02.11.2012 N НД-4-8/18625@). И ФНС согласна с тем, что других требований Методические указания по заполнению справки об уплате налогов не содержат Приказ ФНС России от 23.05.2005 N ММ-3-19/206@.

Ранее налоговики вполне могли отказать в выдаче справки по причине отсутствия оттиска печати.

Акты ФНС не содержат и формы заявления о выдаче справки. То есть оно подается в произвольной форме как и, например, заявления на:
- выдачу другой справки - о состоянии расчетов с бюджетом;
- возврат или зачет налога;
- проведение сверки.
Кстати, если такие заявления подписывает не руководитель, то нужно приложить доверенность. А вот на доверенности оттиск печати как раз обязателен!

И не забудьте указать в заявлении, как именно вы хотите получить справку - лично или по почте на адрес организации.