Так разъяснил Пленум ВАС п. 1 Постановления Пленума ВАС РФ от 25.01.2013 N 11.  Хотя  НК ст. 161 НК прямо говорит, что покупатель в этом случае является налоговым агентом по НДС. ВАС же считает, что если в бюджет попадает налог, а работники банкрота не получают зарплату, то нарушается очередность удовлетворения требований кредиторов.

Правда, что теперь делать организациям - не совсем понятно: перечислишь банкроту сумму с НДС - налоговики могут не понять, перечислишь без НДС - возмутятся конкурсный управляющий и судебный пристав. Однако спор и с теми, и с другими будет разрешаться в суде. Поэтому имеет смысл делать так, как говорит ВАС.