Потому что это не «жилой дом», а «жилое строение» без права прописки. Тот факт, что это ваше единственное жилье, на всю жизнь и оно отвечает самым современным требованиям, роли не играет.

Минфин и раньше так утверждал, но теперь еще и намекает, что все зависит от свидетельства о госрегистрации – переоформите свидетельство на «жилой дом» и приходите за вычетом! Письмо Минфина России от 29.04.2013 N 03-04-05/4-412

А вот для этого потребуется пройти процедуру признания дома пригодным для постоянного проживания «жилым домом» с правом прописки. Напомним, что КС РФ допускает такое для фактически возведенных на дачных и садовых участках индивидуальных жилых домов.
Единой процедуры признания как таковой до сих пор нет, хотя КС РФ и требовал ее установления. А значит, все зависит от действующих в вашем регионе и муниципалитете правил Постановление Конституционного Суда РФ от 14.04.2008 N 7-П. В некоторых регионах это можно сделать через межведомственную комиссию. А там, где нет таких правил, признавать дом жилым вам придется в судебном порядке.