Такие компенсации (в размере не ниже 1/300 ставки ЦБ за каждый день задержки) освобождаются от налогообложения как установленные законодательством компенсационные выплаты. Письмо поручено довести до налоговиков на местах (читай - прекратить попытки начислить на эти суммы НДФЛ) Письмо ФНС России от 04.06.2013 N ЕД-4-3/10209@.

Минфин давно считал этот вопрос закрытым Письмо Минфина России от 23.01.2013 N 03-04-05/4-54. Да и судебная практика не свидетельствует, что налоговики действительно часто пытались «откусить» 13% от подобных выплат работникам.
Обратите внимание – ФНС не оговорила, облагаются ли (по ее мнению) налогом компенсации сверх установленного ТК РФ минимума в 1/300 ставки ЦБ. У Минфина же и тут давно сформировалась выгодная налогоплательщикам позиция – нет, не облагаются, если более высокий размер установлен в трудовом или коллективном договоре Письмо Минфина России от 28.11.2008 N 03-04-05-01/450.