Компания, ведущая один вид деятельности на территории разных муниципальных образований одного субъекта РФ, может применять в одном муниципальном образовании ЕНВД, а в другом - упрощенку. Ведь с этого года вмененка носит добровольный характер Письмо Минфина от 01.07.2013 № 03-11-06/3/24980.

Конечно, для этого вы должны были ранее уведомить инспекцию о применении упрощенки. А для постановки на учет в качестве вмененщика нужно встать на учет в ИФНС по месту ведения деятельности в соответствующем муниципальном образовании.
Такой порядок уплаты налогов применим в отношении авторемонтной деятельности, бытовых услуг, розничной торговли через магазины, оказания услуг общепита, деятельности по распространению и размещению рекламных конструкций и некоторых других видов деятельности, подпадающих под вмененку, по которым вмененщик встает на учет по месту ведения деятельности.