Но такой запрет действует только если деятельность ведется в одном муниципальном образовании –  муниципальном районе, нескольких районах одного городского округа, нескольких внутригородских территориях городов Москвы и Санкт-Петербурга.

Например, если ИП имеет несколько торговых точек на территории г. Санкт-Петербурга, то он не имеет права уплачивать ЕНВД по магазинам одного района города, и в то же время - применять упрощенку по магазинам, находящимся в другом районе. Так разъяснил Минфин в своем свежем письме Письмо Минфина от 24.07.2013 № 03-11-11/29241.

И это правильно. Ведь по НК такой спецрежим как ЕНВД, вводится в действие решениями органов муниципальных образований по определенным видам деятельности (п. 2 с. 346.26 НК РФ). Так что по розничной торговле на территории одного МО предприниматель может применять либо ЕНВД, либо УСНО.
А вот если ИП торгует в разных МО или даже в разных регионах, тогда нет никаких препятствий для применения различных налоговых режимов Письмо Минфина от 24.07.2013 № 03-11-12/29381. Здесь, как говорится, выбирайте, что пожелаете.