Если у вас есть соглашение с контрагентом об электронном обороте счетов-фактур, это не запрещает выставлять их ему в бумажном виде. И Минфин с этим согласен Письмо Минфина от 12.09.2013 N 03-07-09/37682.

Но учтите, если покупателю выдан счет-фактура на бумаге, перевыставить его в электронном виде вы уже не сможете п. 4 разд. II Приложения N 3, утв. Постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 N 1137.