Ведь торговля через Интернет это, по сути, продажа товаров по образцам и каталогам вне стационарной торговой сети.

А такая деятельность, не подпадает под определение розничной торговли, в отношении которой могут применяться специальные налоговые режимы ЕНВД или патентная система Письмо ФНС от 15.04.2013 № ЕД-3-3/1352@.
Так что интернет-магазинам остается платить налоги или по общей, или по упрощенной системе налогообложения.