То, как вы будете нумеровать свои счета-фактуры, никак не повлияет на принятие к вычету НДС по этим счетам-фактурам Письмо Минфина от 11.10.2013 № 03-07-09/42466.

Поэтому при желании можете хоть ежедневно начинать нумерацию с первого порядкового номера, несмотря на то, что такой порядок не предусмотрен Правилами заполнения счетов-фактур. Главное, чтобы в счетах-фактурах не были допущены ошибки, которые влекут 100%-ный отказ в вычете. Например, неправильная ставка или сумма НДС.