Если ИП прекратил предпринимательскую деятельность и оставляет себе основные средства и непроданные товары, то, по мнению Минфина, он должен восстановить входной НДС по ним Письмо Минфина от 18.11.2013 № 03-07-14/49507.

Причем по товарам НДС надо восстановить в полной сумме, ранее принятой к вычету. А по основным средствам, остающимся в собственности гражданина (теперь уже не являющегося ИП), НДС нужно восстановить в доле, приходящейся на остаточную стоимость ОС. Для этого в свою инспекцию ИП должен подать уточненные декларации по НДС за те кварталы, в которых НДС был изначально принят к вычету.
Обосновывает эту позицию Минфин очень просто: по НК вычетам подлежат суммы НДС, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров, используемых для ведения операций, облагаемых НДС. А если приобретенные товары и ОС не используются для облагаемых НДС операций, то и оснований для вычета нет.
Безусловно, логика в этом есть. Но не нужно забывать и о том, что перечень случаев, когда налогоплательщики обязаны восстанавливать НДС, приведен в п. 3 ст. 170 НК РФ, и он является закрытым, о чем неоднократно заявляли суды, в том числе и ВАС Решение ВАС от 23.10.2006 № 10652/06.

И в этом перечне нет такого случая, как восстановление НДС при прекращении деятельности ИП. Так что если для вас сумма восстанавливаемого НДС существенная, с налоговиками можно и поспорить.