Если суд признал корректировку НДС, произведенную таможенниками, неправомерной и постановил вернуть вам НДС, излишне взысканный при ввозе товаров на территорию России, а вы уже приняли эти суммы к вычету, то обязательства по НДС придется скорректировать.

Вычет нужно восстановить в том квартале, в котором вступил в силу судебный акт о признании решения таможенного органа неправомерным.
Такую информацию Минфина налоговая служба донесла до ИФНС Письмо ФНС от 21.04.2014 № ГД-4-3/7606.