По мнению Советника государственной гражданской службы РФ 2 класса Думинской Ольги Сергеевны, это не проблема для вычета.

«В ситуации, когда организация:
- сначала уплатила НДС с аванса, полученного от клиента;
- по прошествии срока исковой давности списала этот аванс и учла в доходах;
- затем по соглашению с клиентом восстановила аванс и зачла его в счет поставки товара по новому договору, -
она может принять к вычету НДС, уплаченный с изначально полученного аванса, после отгрузки покупателю товаров, в счет оплаты которых зачитывается данный аванс.
Причем даже если прошло более 3 лет с даты получения денег от покупателя. Налоговым кодексом не установлено ограничений по сроку для вычетов с авансов при отгрузке».