Если жилье, которым вы владели менее трех лет, было приобретено за счет средств материнского капитала, то при продаже этой недвижимости доход для целей исчисления НДФЛ можно смело уменьшить на расходы, связанные с ее покупкой, включив в них сумму материнского капитала, - никаких негативных налоговых последствий не будет Письмо ФНС России от 22.07.2014 N БС-4-11/14019@.

Также в расходах можно учесть и сумму единовременных жилищных субсидий. Ведь, несмотря на то, что полученные субсидии и материнский капитал, по сути, не являются личными (заработанными) средствами гражданина, в силу закона они признаются доходом физлица (который не облагается НДФЛ п.34, 36 ст.217 НК РФ), а направление их на покупку жилья - расходами, связанными с его приобретением. Соответственно, уменьшение налоговой базы при продаже недвижимости на эти суммы вполне обосновано.