Если ваш сельхоз участок используется по своему прямому назначению только частично, то земельный налог вы рассчитываете по пониженной «сельскохозяйственной» ставке все равно в отношении всего участка.

Ведь НК РФ не предусматривает налогообложения одного и того же участка по разным ставкам Письмо ФНС России от 30.07.2014 N БС-4-11/14944@.

Если же уполномоченные на то органы установят, что земля не используется для сельскохозяйственного производства, то облагать эту землю уже придется по ставке, установленной для прочих земель (не более 1,5% от кадастровой стоимости). Сделать это нужно будет, начиная с того года, в котором данный факт обнаружен. Устраните нарушение – вернетесь к льготной ставке.