Если вы перечислили «агентский» НДФЛ с зарплаты работников обособленного подразделения по месту нахождения головной организации, то штрафовать по ст.123 НК РФ ст.123 НК РФ вас не должны. Главное, чтобы налог был в принципе своевременно и в полном объеме перечислен в бюджет.

Такой вывод следует из Письма Минфина (Письмо Минфина от 10.10.2014 № 03-04-06/51010). Причем, чувствуется, что данная точка зрения чужда финансовому ведомству, а принимает он ее только потому, что так сказал в свое время Президиум ВАС. В письме Минфин говорит о том, что решая вопрос о наказании налогового агента, нужно опираться именно на эту позицию суда Постановление Президиума ВАС РФ от 24.03.2009 N 14519/08.

А вот ФНС о неналожении штрафа при отправке НДФЛ в бюджет не по месту нахождения ОП сказала еще в прошлом году Письмо ФНС от 02.08.2013 № БС-4-11/14009.

Кстати, в такой ситуации пени начислять вам тоже не должны.