Выяснилось, что в некоторых ИФНС отказываются принимать отчетность по «импортному» НДС на бумажном носителе, ссылаясь на то, что с этого года такую декларацию надо представлять в электронном виде.

Однако такой обязанности у вас нет. Ведь представить электронную декларацию  вы должны исключительно по «обычному» НДС (п.5ст.174 НК РФ), а на отчетность по «импортному» НДС данное новшество не распространяется.

Так что если вам отказали в приеме бумажной декларации по косвенным налогам и вы отправили ее в срок по почте (20 апреля - последний день для представления такой отчетности за март 2015г.), не бойтесь штрафа. Даже если его наложат, вы легко отобьетесь.