Это нужно будет сделать, если комиссионер выставит счет-фактуру покупателю в одном квартале, а от комитента получит счет-фактуру уже в следующем квартале.

Источник: Письмо Минфина от 27.04.2015 № 03-07-11/24223 Письмо Минфина от 27.04.2015 № 03-07-11/24223

В такой ситуации комиссионер регистрирует поступивший от комитента счет-фактуру в графе 4 (номер и дата) части 2 журнала учета полученных и выставленных счетов-фактур в периоде получения. А часть 1 журнала за тот период, когда сам комиссионер выставил счет-фактуру покупателю, необходимо уточнить: в графу 12 (номер и дата счета-фактуры, полученного от продавца) вносятся данные комитентского счета-фактуры.

После всех этих манипуляций необходимо сдать уточненку по НДС.