Если вы получаете от поставщика то счет-фактуру, то УПД, смело принимайте по ним входной НДС к вычету.

Источник: Письмо ФНС России от 27.05.2015 № ГД-4-3/8963

Ведь, как недавно напомнила ФНС, УПД носит рекомендательный характер и его использование совершенно не мешает применению иных форм документов, даже в рамках одного договора.

Также не требует документального единообразия учет «прибыльных» расходов. Например, налоговики не должны «снимать» с расходов затраты только по причине того, что одну партию товара вы приняли на основании товарной накладной, а другую – на основании УПД.