Принять входной НДС к вычету по расходам на проезд командированного работника можно не только на основании главного НДС-документа, но и на основании авиабилета.

Источник: Письмо ФНС России от 21.05.2015 N ГД-4-3/8565 Письмо ФНС России от 21.05.2015 N ГД-4-3/8565

Но убедитесь, что сумма налога в нем выделена отдельной строкой.

В этом случае работодателю в книге покупок нужно зарегистрировать данные билета,  включенного работником в отчет о командировке.