То корректировку вычета по налогу нужно будет отразить в периоде его первоначальной уплаты.

Источник: Определение ВС РФ от 08.07.2015 306-КГ15-3685 Определение ВС РФ от 08.07.2015 306-КГ15-3685

Так, в рассматриваемой судами ситуации организация заявила к вычету уплаченный на таможне НДС в декларации за 2 квартал. Однако позже выяснилось, что из-за изменения тарифов «таможенный» налог был переплачен, и разница была возвращена Обществу. В связи с чем данную сумму налога плательщик восстановил, но сделал это в том периоде, когда получил переплату – в 3 квартале.

Налоговики посчитали такое восстановление несвоевременным, а суды трех инстанций, а также Верховный суд поддержали проверяющих. Логика такова: поскольку отдельный порядок восстановления ранее принятого к вычету «ввозного» НДС налоговым законодательством не предусмотрен, то такая корректировка приравнивается к исправлению ошибки (неточности)  и производится в периоде совершения ошибки (п. 1 ст. 54 НК РФ).