ФНС направила в Минфин запрос по данной ситуации, ждем ответа ведомства.

Сама налоговая служба не видит препятствий для вычета НДС по счетам-фактурам, в которых есть дополнительные реквизиты или сведения, не предусмотренные ни Налоговым кодексом, ни новой формой счета-фактуры (п. 5, 6 ст. 169 НК РФ, Постановление Правительства от 26.12.2011 № 1137). Главное – чтобы в счете-фактуре были все обязательные реквизиты.
А есть дополнительные реквизиты или нет – это уже не важно.

Именно такую позицию ФНС выразила в своем запросе.
Но вот что ответит Минфин, еще не известно: ведь «самодеятельность» в новых счетах-фактурах плохо сочетается с единым электронным форматом, по которому налогоплательщики будут обмениваться счетами-фактурами между собой и с налоговиками.

Источник: Письмо ФНС России от 26.01.2012 N ЕД-4-3/1193