Общество должно выплатить покидающему его участнику действительную стоимость его доли. Такая выплата, безусловно, является доходом выбывающего дольщика и облагается НДФЛ.

Источник: Письмо Минфина России от 15.07.2015 № 03-04-06/40675 Письмо Минфина России от 15.07.2015 № 03-04-06/40675

Причем, налог должен быть исчислен со всей выплаты, ведь уменьшение налоговой базы на сумму взноса в УК ныне действующим законодательством не предусмотрено.

Кстати, обязанность по расчету и уплате НДФЛ в данной ситуации полностью ложится на лишившуюся участника организацию как на налогового агента.