Просто подайте в ИФНС заявление о снятии с учета. Никаких санкций со стороны налоговиков не последует.

Источник: Письмо ФНС от 20.08.2015 № ГД-4-3/14721@

Подать заявление можно в произвольной форме, указав в нем наименование организации (ФИО предпринимателя), ИНН и причины его подачи. Также нужно будет приложить копию ошибочно поданного уведомления.

После этих нехитрых манипуляций лжеплательщика снимут с учета той же датой, которой была произведена его регистрация в качестве плательщика торгового сбора, а уже начисленные налоговиками суммы сбора будут стронированы в информационной системе налоговой инспекции.