Сделать это можно через специальный сервис, запущенный в рамках пилотного проекта на сайте Налоговой службы, «Представление налоговой и бухгалтерской отчетности в электронном виде» Сервис. Возможность представления электронных деклараций предусмотрена для организации и ИП.

Источник: Письмо ФНС от 20.08..2015 № ПА-3-17/3169@ Письмо ФНС от 20.08..2015 № ПА-3-17/3169@

Для отправки отчетности через новый сервис необходимо получить сертификат ключа квалифицированной электронной подписи. Перечень аккредитованных Минсвязи центров, выдающих такие сертификаты, можно найти на официальном сайте Минсвязи Перечень.

Обратите внимание, что из-за наложенных Налоговым кодексом ограничений п.5. ст.174 НК РФ сдать таким способом декларацию по НДС не получится.