Если трудовым или коллективным договором предусмотрена доплата до среднего заработка сотрудницы при оплате ей отпуска по беременности и родам, то такие выплаты уменьшают базу по налогу на прибыль.

Источник: Письмо Минфина от 04.08.2015 №03-03-06/1/44922 Письмо Минфина от 04.08.2015 №03-03-06/1/44922

Кстати, это не единственные дополнительные выплаты в пользу работников, которые можно учесть в составе расходов на оплату труда. К примеру, также можно учесть персональные надбавки к окладу сотрудника Персональную надбавку к окладу можно учесть в базе по налогу на прибыль.