Если НДС вам был возвращен или зачтен в заявительном порядке, но затем в ходе камеральной проверки налоговики установили, что вы не имеете права на данные суммы, то вам нужно не только вернуть налог в бюджет, но и уплатить проценты за пользование бюджетными средствами.

Источник: Письмо ФНС России от 25.08.2015 № СА-4-7/14929

Проценты рассчитываются исходя из двукратной ставки ЦБ, действовавшей в период со дня поступления сумм НДС на ваш расчетный счет (со дня принятия решения о зачете) до того дня, когда налог был вами возвращен законному владельцу – бюджету.

Кстати ранее подобное разъяснение уже давал Минфин Письмо Минфина России от 19.06.2015 г. N 03-07-15/35463.