Сотрудник, с которым заключен ученический договор, имеет право на необлагаемую НДФЛ компенсацию проезда к месту учебы и обратно. Но лишь один раз в год!

Источник: Письмо Минфина от 01.09.2015 №03-04-06/50182 Письмо Минфина от 01.09.2015 №03-04-06/50182

Это относится к работникам, совмещающим работу и получение высшего образования по прошедшим госаккредитацию программам ст.173 ТК РФ.

При этом, если работодатель захочет возместить повышающему квалификацию сотруднику другие расходы, связанные с обучением (например, проживание по месту учебы), то уплатить НДФЛ с этих сумм нужно в общем порядке.