При получении аванса в счет предстоящей поставки необходимо исчислить и уплатить НДС с этой суммы. Если же впоследствии произошла новация и обязательство по поставке товаров (выполнению работ, оказанию услуг) преобразовалось в обязательство по возврату займа, то уплаченный ранее «авансовый» налог можно принять к вычету.

Источник: Определение ВС РФ от 19.03.2015 № 310-КГ14-5185 Определение ВС РФ от 19.03.2015 № 310-КГ14-5185

Причем сделать это можно, не дожидаясь полного возврата займа.

Дело в том, что со вступлением в силу соглашения о новации долг, возникший между покупателем и продавцом, заменяется заемными обязательствами. А поскольку по полученному займу НДС исчислять не нужно, то ранее перечисленные в бюджет суммы налога признаются излишне уплаченными и на этом основании могут быть приняты к вычету.

Кстати, споры между плательщиками и налоговиками по этому вопросу идут давно. Надеемся, что Верховный суд положил им конец.