Если поставщик, применяющий УСН, по ошибке выставил счет-фактуру, то покупатель не может принять НДС к вычету по такому документу, даже если в нем выделена сумма налога.

Источник: Письмо Минфина от 05.10.2015 №03-07-11/56700

Ведь в данном случае счет-фактура считается составленным с нарушением действующего законодательства, т.к. главный НДС-документ выставлен лицом, не имеющим никакого отношения к этому налогу.

Правда, если спорить с налоговиками вы все-таки готовы, то можно рискнуть и включить в состав вычетов и этот входной налог. Ведь ошибившийся упрощенец обязан уплатить НДС в бюджет, а, значит, если в этой ситуации вы примете сумму налога к вычету, бюджет никак не пострадает.

Кстати, есть ситуации, когда упрощенец имеет полное право на выставление счетов-фактур:

- спецрежимник является посредником (комиссионером или агентом) и продает товары комитента (принципала) - плательщика НДС от своего имени;

- продавец - участник договора простого товарищества или доверительный управляющий, продающий товары (работы, услуги) в рамках такого договора ст.174.1 НК РФ.