Обособленные подразделения организаций не являются плательщиками НДС, следовательно, счета-фактуры по отгруженным товарам (работам, услугам) выписываются на имя самой организации.

Источник: Письмо Минфина от 26.02.2016 № 03-07-09/11029

При этом по строке 6б «ИНН/КПП покупателя» счета-фактуры указывается КПП подразделения и ИНН головной организации. А в строки 6 «Покупатель» и 6а «Адрес» нужно вписать реквизиты головного офиса, а не ОП.

Кстати, Минфин и ранее придерживался этой позиции Письмо Минфина от 05.06.2014 № 03-07-06/44671; Письмо Минфина от 01.06.2014 № 03-07-06/43645.

Обратите внимание, что КПП «обособки» указывается в счете-фактуре только в том случае, когда реализация товаров (работ, услуг) производится напрямую от поставщика обособленному подразделению. Если же покупка изначально совершается головным офисом, чтобы потом передать приобретенные ценности своему ОП, то в строку 6б счета-фактуры вносится КПП головной организации Письмо Минфина РФ от 26.01.2012 № 03-07-09/03.