Если компания, арендующая у физлица помещение, и «физик», взявший у той же фирмы заем, решили закрыть долги друг перед другом взаимозачетом, организация не должна уплачивать НДФЛ за «физика»-арендодателя.

Источник: Письмо ФНС от 24.03.2016 № БС-4-11/5110@

Организация, арендующая у физлица помещение, признается налоговым агентом по НДФЛ и должна удерживать сумму налога из арендной платы. При этом исчислить налог необходимо на дату фактического получения гражданином дохода.

Одним из способов прекращения обязательств является зачет встречного однородного требования. В этом случае датой получения дохода будет день такого взаимозачета.

Именно на эту дату компания должна исчислить НДФЛ с сумм арендной платы (пусть и фактически не выплаченных, а зачтенных в счет погашения долга по займу). А вот удержать налог компания-агент в такой ситуации не может. Ведь никаких выплат «физику» не производилось. Соответственно, организации следует известить ИФНС и самого «физика» о том, что налог не удержан. А обязанность по уплате налога с полученного дохода переходит на самого гражданина-получателя такого дохода.