Если компания и ее ОП арендуют земельные участки у «физиков», на фирму-арендатора возлагаются обязанности налогового агента по НДФЛ. Куда уплачивать налог зависит от того, кто заключил договор аренды - головной офис или ОП.

Источник: Письмо Минфина от 21.04.2016 № 03-04-06/23195

В случае, когда договор аренды земельного участка заключен между «физиком» и самой головной организацией, перечислять НДФЛ с арендных выплат нужно в бюджет по месту учета организации.

Если же арендный договор заключен «обособкой» от имени компании, то уплачивать агентский НДФЛ необходимо по месту нахождения подразделения, подписавшего договор.