В ситуации, когда весь первый квартал зарплата сотрудникам начислялась, но из-за финансовых трудностей работодателя персонал получил свои деньги только в апреле, в 6-НДФЛ за первый квартал начисленные суммы попадут только в раздел 1.

Источник: Письмо ФНС от 24.05.16 № БС-4-11/9194

При этом начисленную сумму зарплатного дохода следует отразить в строке 020, а соответствующую сумму НДФЛ - в строке 040. В строках 070 «Сумма удержанного налога» и 080 «Сумма налога, не удержанная налоговым агентом» нужно проставить нули.

Вписать в строку 070 сумму удержанного в апреле с квартальной зарплаты НДФЛ нужно будет уже при заполнении расчета за полугодие.

В раздел 2 зарплата за три первых месяца года также попадет только при заполнении отчета за полугодие. Т.к. в случаях, когда операция начата в одном отчетном периоде, а завершена в другом, она отражается в разделе 2 в периоде завершения. Обратите внимание, что строка 100 «Дата фактического получения дохода» заполняется с учетом положений статьи 223 НК РФ, согласно которым, датой фактического получения дохода в виде оплаты труда считается последний день месяца, за который она была начислена.