При продаже товара, привезенного в Россию через границу с государством-членом Таможенного союза, страна происхождения и номер таможенной декларации в счете-фактуры не указываются. Даже если изначально этот товар прибыл из третьих стран, не входящих в ТС.

Источник: Письмо Минфина от 15.09.2016 № 03-07-13/1/53940

Как разъяснил Минфин, товарами Таможенного союза считаются не только те товары, что были произведены в одной из стран ЕАЭС, но происходящие из третьих стран и выпущенные в свободное обращение на территории государств – членов ТС.

Как известно, при ввозе товаров в РФ с территории стран-членов ЕАЭС таможенная декларация не заполняется. Поэтому при реализации в РФ товаров Таможенного союза, как произведенных в ЕАЭС, так и попавших в РФ транзитом через одну из стран ЕАЭС (например, товаров из Китая, ввезенных в Россию через Белоруссию) в счетах-фактурах графы 10 «Страна происхождения» и 11 «Номер таможенной декларации» можно не заполнять. Проблем с вычетом НДС это не принесет.