При реализации строительно-монтажных работ база по НДС определяется как стоимость этих работ с учетом всех понесенных расходов, в т.ч. затрат на покупку необлагаемых НДС работ (услуг).

Источник: Письмо Минфина от 30.09.2016 № 03-07-11/56905

При этом у покупателя СМР никаких проблем с вычетом не возникнет. Независимо от того, какие именно расходы сформировали стоимость строительно-монтажных работ (облагаемые и/или необлагаемые НДС), входной налог, предъявленный покупателю подрядной организацией, принимается к вычету на основании выставленных подрядчиком счетов-фактур. Так что, если с полученными счетами-фактурами и соответствующей «первичкой» все в порядке, то никаких помех для принятия к вычету НДС нет.

Обратите внимание, что вычет входного НДС по СМР, выполненным подрядными организациями, правомерен только после принятия этих работ на учет.