Если сентябрьская зарплата выдана работникам 30.09.2016, то в расчете 6-НДФЛ за 9 месяцев эту операцию нужно будет отразить только в разделе 1. В раздел 2 заплата за сентябрь и соответствующая сумма НДФЛ попадет только при сдаче годового расчета.

Источник: Письмо ФНС от 24.10.2016 № БС-4-11/20126@

Дело в том, что налоговые агенты обязаны перечислить удержанную из зарплатного дохода сумму НДФЛ не позднее дня, следующего за днем выплаты дохода. Т.е. в случае выплаты зарплаты 30.09.2016 года, установленный законодательством крайний срок перечисления НДФЛ – 3 октября (ведь 1 и 2 октября – выходные дни).

Следовательно, даже если фактически налог был уплачен в бюджет в тот же день, что и удержан (30 сентября), операция все равно будет считаться завершенной 3 октября, т.е. уже в следующем отчетном периоде.

Поэтому при заполнении 6-НДФЛ за 9 месяцев сумма начисленной за сентябрь зарплаты и соответствующие суммы исчисленного и удержанного НДФЛ указываются только в разделе 1 в строках 020, 040 и 070.

А в разделе 2, при сдаче отчетности за 2016 год, эта операция должна быть отражена следующим образом:

- по строкам 100 «Дата фактического получения дохода» и 110 «Дата удержания налога» указывается 30.09.2016;

- по строке 120 «Срок перечисления налога» – 03.10.2016;

- по строкам 130 «Сумма фактически полученного дохода» и 140 «Сумма удержанного налога» – соответствующие суммовые показатели.

Напомним, что сдать 6-НДФЛ за 9 месяцев налоговые агенты должны не позднее 31 октября.