Если покупатель решил оставить у себя партию товара, поступившую с пересортом, поставщик может выставить один корректировочный счет-фактуру, с уменьшением количества одних товаров и увеличением других.

Источник: Письмо Минфина от 17.11.16 № 03-07-09/67407

По мнению Минфина, это не противоречит порядку, установленному Правилами составления корректировочного счета-фактуры. Ведь никакого особого регламента оформления корректировки для ситуаций, когда в одной поставке произошло одновременно и уменьшение, и увеличение количества товаров, в Правилах нет.

Кстати, ошибки не будет и в том случае, если поставщик оформит уточнение первичного счета-фактуры двумя корректировочными. Указав в первой корректировке изменение количества одних товаров в сторону увеличения и отразив уменьшение количества других товаров – во второй.