Затраты организации по оплате комиссии банков можно без всяких сомнений учитывать при расчете базы по налогу на прибыль.

Источник: Письмо Минфина от 18.01.2017 № 03-03-06/1/1916

Ведь согласно налоговому законодательству, к прочим расходам, связанным с производством и реализацией, относятся, в т.ч. затраты на почтовые, телефонные, телеграфные и другие подобные услуги, расходы на оплату услуг связи, вычислительных центров и банков, включая расходы на услуги информационных систем (СВИФТ, Интернет и т.п.).

Кроме того, в пп.15 п.1 ст. 265 НК РФ прописано, что расходы на услуги банков, в т.ч. связанные с установкой и эксплуатацией систем «клиент-банк», относятся к внереализационным расходам.

Так что для включения сумм банковских комиссий в «прибыльные» расходы есть все основания.