Если организация купила товары в розничной торговле, а продавец не выдал счет-фактуру на покупку, то сумму входного НДС нельзя ни принять к вычету, ни учесть в базе по налогу на прибыль.

Источник: Письмо Минфина от 24.01.2017 № 03-07-11/3094

Дело в том, что НК не установлены какие-либо особенности вычета НДС по товарам, приобретенным в рознице. Следовательно, в этом случае действует общее правило: нет счета-фактуры - нет и вычета.

Что касается налога на прибыль, то тут тоже никаких лазеек. Сумму НДС, указанную в кассовом чеке, нельзя списать в «прибыльные» расходы, потому что такая возможность не предусмотрена налоговым законодательством (п.1 ст. 170 НК РФ).

При этом НК содержит перечень случаев, когда НДС, предъявленный покупателю при приобретении товаров (работ, услуг), в «прибыльных» целях включается в стоимость купленного товара. Только вот такого основания как отсутствие у покупателя счетов-фактур, подтверждающих его право на применение НДС-вычета,  в этом списке нет. Следовательно, при исчислении налога на прибыль «розничный» НДС нельзя учесть и в составе стоимости покупки.