Если поставщик  выставил счет-фактуру с выделенной суммой налога по необлагаемой НДС операции, покупатель все равно вправе принять НДС к вычету.

Источник: Письмо Минфина от 21.06.2017 № 03-07-15/38864 (доведено письмом ФНС от 05.07.2017 № СД-4-3/12986@)

Эту точку зрения разделяют и Минфин, и ФНС, и Конституционный суд.

Согласно НК, если при продаже товаров (работ, услуг), реализация которых не подлежит обложению НДС, продавец оформил счет-фактуру с выделенной суммой налога, он обязан уплатить эту сумму в бюджет.

Соответственно, покупатель может спокойно принять к вычету предъявленный НДС (в порядке и на условиях, установленных ст. 171 и 172 НК). Ведь бюджет от этого не пострадает.